Heatmap gruppiert
Verfasst: Do Apr 27, 2023 9:32 am
Hallo,
ich versuche eine Heatmap zu erstellen. Diese soll quasi zweigeteilt erscheinen. Gruppe X zusammen und Gruppe Y zusammen. Beide Gruppen sollen durche eine weiße linie getrennt voneinander erscheinen. Am besten wäre wenn die Gruppenbezeichnung am Rand ersichtlich wäre. Leider scheitere ich bereits an der korrekten Sortierung.
Die Sortierung auf der y Achse ist stoisch Gene 1 - 4
Hat jemand eine Idee?
VG
wbart
ich versuche eine Heatmap zu erstellen. Diese soll quasi zweigeteilt erscheinen. Gruppe X zusammen und Gruppe Y zusammen. Beide Gruppen sollen durche eine weiße linie getrennt voneinander erscheinen. Am besten wäre wenn die Gruppenbezeichnung am Rand ersichtlich wäre. Leider scheitere ich bereits an der korrekten Sortierung.
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# Testdaten
model <- c(rep("Model A", 4), rep("Model B", 4), rep("Model C", 4))
geneSymbol <- c("Gene 1", "Gene 2", "Gene 3", "Gene 4",
"Gene 1", "Gene 2", "Gene 3", "Gene 4",
"Gene 1", "Gene 2", "Gene 3", "Gene 4")
logFC <- c(-1.2, 2.3, -0.8, 1.5,
1, 2.2, -0.7, 1.4,
-1.1, 2.4, -0.9, 1.6)
group <- factor(c("Y", "Y", "X", "Y",
"Y", "Y", "X", "Y",
"Y", "Y", "X", "Y"), levels = c("X", "Y"))
data <- data.frame(model, geneSymbol, logFC, group)
# Sortieren und Heatmap
data[order(group),] %>%
ggplot(aes(x=model, y=geneSymbol, fill=logFC)) +
geom_tile()
Hat jemand eine Idee?
VG
wbart