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Umgang mit netCDF in R

Verfasst: Mo Jul 05, 2021 6:08 pm
von Klimalina
Hi zusammen!

ich verarbeite für meine Abschlussarbeit eine netCDF Datei. Leider ist die Datei zu groß für meinen Arbeitsspeicher :lol: und meine R Erfahrung begrenzt ;)

Folgende Eckdaten:
- 3 Dimensionen (Long,Lat,Time) mit einer Variable (Temperatur)
- täglich ein Temperaturwert, von 01.01.1950 bis 31.12.2020
- tatsächlich brauche ich gar nicht alle Daten, mir reichen jeweils Mai - September...

Mein Problem liegt also bereits beim Dateneinlesen, ich würde (weil so gelernt) mit der ncvar_get() Funktion die Variablen auslesen und weiter verarbeiten.

Allerdings ist das nicht möglich, weil zu viele Daten, bzw zu kleiner Arbeitsspeicher ( Fehlermeldung: cannot allocate vector of size 30.8 Gb)

Gibt es eine Funktion, mit der ich den Datensatz schon an dieser Stelle "verkleinern" kann?
Andere Tipps oder Vorschläge sind natürlich auch willkommen :)

Danke euch!
Lina

Re: Umgang mit netCDF in R

Verfasst: Mo Jul 05, 2021 10:38 pm
von EDi
ncvar_get() hat die Argumente start= und count=.
Damit kann man die Einschräkungen machen die du beschreibst, anstatt alles einzulesen...

Ansonsten würde ich vermutlich nicht mit R rangehen, sondern zuerst mal mit gdal versuchen die Daten aufzubereiten...
Oder mehr RAM kaufen / mieten...