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Survivalanalyse mit R (HR mit Konfidenzintervallen)
Verfasst: Do Jun 18, 2020 1:03 pm
von jalu06
Liebes Forum,
Ich hätte eine Frage zum Erstellen von einem Survival Datensatz.
Ich habe nun einige Zeit herum probiert, komme jedoch nicht weiter.
Ich habe eine Klinische Studie bei dem ich das Hazard Ratio nachbauen möchte mit den dazugehörigen Überlebenszeiten.
Werte wie der Log-Rank Wert oder dem Standardfehler habe ich alle.
Mir fällt es nur sehr schwer mit R dies so aufzubauen, dass schlussendlich das HR als Output kommt mit den dazugehörigen Konfidenzintervallen.
Ich würde mich wirklich freuen, wenn jemand eine Idee hat, wie man das aufbauen könnte.
Wenn noch irgendwas unklar ist, könnt ihr gerne nachfragen!
Vielen Dank im Voraus für Eure Hilfe!
Re: Survivalanalyse mit R (HR mit Konfidenzintervallen)
Verfasst: Do Jun 18, 2020 2:41 pm
von jogo
Hallo jalu,
willkommen im Forum!
Auf SO habe ich dieses gefunden:
https://stackoverflow.com/search?q=%5Br%5D+Hazard+Ratio
Ansonsten gibt es auf CRAN ein extra TaskView für Survivalanalyse
https://cran.r-project.org/web/views/
Gruß, Jörg
Re: Survivalanalyse mit R (HR mit Konfidenzintervallen)
Verfasst: Do Jun 18, 2020 3:00 pm
von jalu06
Hallo jogo,
danke für deine Antwort!
Die Funktion coxph ist mir wohl geläufig, nur habe ich die immer auf einen vorhandenen Datensatz anwenden können und musste mir den nicht selber erstellen...
Weißt du, ob es eine Funktion gibt, ähnlich wie das getDataset für Gruppensequentielle Daten, nur für "normale" survivaldaten?
Gruß,
Jalu
Re: Survivalanalyse mit R (HR mit Konfidenzintervallen)
Verfasst: Do Jun 18, 2020 3:56 pm
von jogo
Hallo Jalu,
die Funktion getDataset() kenne ich nicht - ich weiß nichtmal aus welchem Paket diese Funktion ist.
Gruß, Jörg
Re: Survivalanalyse mit R (HR mit Konfidenzintervallen)
Verfasst: Do Jun 18, 2020 5:33 pm
von jalu06
Hallo joerg,
getDataset stammt aus dem rPact.
Da muss man die Zahl der Events angeben, wie diese Events verteilt sind und den Log-Rank Wert.
Glaubst du, dass es sowas ähnliches bei R noch gibt?
Suche jetzt seit Längerem...
Gruß,
Jalu
Re: Survivalanalyse mit R (HR mit Konfidenzintervallen)
Verfasst: Fr Jun 19, 2020 8:31 am
von jogo
Hallo Jalu,
jalu06 hat geschrieben: Do Jun 18, 2020 5:33 pm
getDataset stammt aus dem rPact.
aha.
https://www.rpact.com/r-package
Da muss man die Zahl der Events angeben, wie diese Events verteilt sind und den Log-Rank Wert.
Glaubst du, dass es sowas ähnliches bei R noch gibt?
Suche jetzt seit Längerem...
Ich verstehe Dich nicht ganz. Das ist doch ein Paket für R.
Und was heißt "noch"? Gab es sowas schonmal und jetzt nicht mehr?
Gruß, Jörg
Re: Survivalanalyse mit R (HR mit Konfidenzintervallen)
Verfasst: Fr Jun 19, 2020 9:55 am
von jalu06
Hallo joerg,
Das ist für mich gerade ja die Frage, ob es sowas noch gibt.
Im rpact wird ein Datensatz erzeugt, der berücksichtigt, dass ein Gruppensequentielles Design bei der Survivalanalyse vorliegt.
Ich suche ein Paket, welches einen Datensatz für eine Survivalanalyse erzeugt, bei dem von einem "normalen" Design ausgegangen wird...
Ich merke ich drücke mich ein wenig unverständlich aus...
viele grüße
Jan Lucca
Re: Survivalanalyse mit R (HR mit Konfidenzintervallen)
Verfasst: Fr Jun 19, 2020 1:10 pm
von EDi
Es geht also darum Daten mit bestimmten Eigenschaften zu simulieren?
kurzes googeln brachte mir dieses Paket:
https://cran.r-project.org/web/packages ... al-effects